برخی از کارشناسان و فعالان خودرو پس از ادغام دو وزارت صنعت، معدن و بازرگانی در سال ۹۰ نسبت به عواقب این تصمیم‌گیری اظهار نگرانی کرده بودند، این در شرایطی است که حالا و پس از گذشت حدود ۸ سال، بار دیگر نگرانی‌ها نسبت به تاثیر تفکیک این دو وزارت بر روند توسعه و واردات خودرو شکل گرفته است.
پس از ادغام وزارت صنایع و معادن و بازرگانی، مخالفان با اظهار نگرانی بر روند شکل‌گیری این ادغام تاکید داشتند که وزیر صمت آینده به طور حتم مسیر واردات را با تمرکز بر تولید تغییر خواهد داد و تجارت خودرو به سود تولید عقیم می‌ماند. این پیش بینی‌ها بیراه نبود، چرا که با گذشت ۸ سال از ادغام دو وزارتخانه، واردات خودرو همراه با مقررات و بخشنامه‌های متفاوت با فراز و نشیب‌های زیادی روبه‌رو شد. ابلاغ دستورالعمل‌های گاهی ماهانه و متفاوت از یکدیگر هزینه‌های زیادی بر دوش وارد‌کنندگان قرار داد این در شرایطی بود که تولید‌کنندگان خودرو از حمایت تام وزارت صمت برخوردار بودند و دیوار انحصارگری آنها نسبت به سال قبل از ۹۰ بلندتر نیز شده بود.
به ادعای بسیاری از فعالان حوزه واردات، سال‌های بعد از ادغام که با اعمال تحریم‌های اولیه مصادف شد سیاست‌های صنعتی و تجاری را کاملا به نفع تولید تغییر داد و محدودیت عجیبی بر واردات خودرو اعمال شد. در این زمینه وزیر پیشین صمت به‌عنوان متولی و سیاستگذار صنعتی و تجاری کشور بیشترین محدودیت را برای بخش تجاری خودرو اعمال کرد. به‌طوری‌که گاهی فضا برای فعالیت نمایندگی‌های رسمی خودرو باز می‌شد و گری مارکت‌ها از فعالیت منع می‌شدند و در مقاطعی نیز برعکس این اتفاق رخ می‌داد. وی همزمان با توافق هسته‌ای و برجام بسیاری از شرکت‌های خارجی را برای فعالیت در ایران ترغیب کرد، این در شرایطی است که برای امنیت فعالیت شرکای خارجی، دیوار محدودیت ورود خودرو به کشور را بلندتر کرد. در هر صورت آنچه مشخص است با ادغام این دو وزارتخانه نه تنها ناهماهنگی میان سیاست‌های صنعتی و تجاری کشور اتفاق نیفتاد؛ بلکه تفوق تولید بر تجارت را نیز فراهم کرد. با این حال هم اکنون طرح تفکیک دوباره این وزارتخانه مطرح شده است، طرحی که مخالفان و موافقان زیادی به همراه خود دارد.
به‌طوری‌که برخی معتقدند ساختار کنونی وزارت صنعت و معدن و تجارت منجر به اتخاذ تصمیم‌گیری واحدی در این دو حوزه شده است و تولید و واردات خودرو همسو با یکدیگر حرکت می‌کنند، این در شرایطی است که مخالفان ادغام تاکید می‌کنند که در حوزه خودرو نهاد سیاستگذار به‌طور همزمان نتوانسته از منافع تولیدکننده و واردکننده دفاع کند؛ اما برخی دیگر از کارشناسان تاکید دارند که بازگشت وزارت بازرگانی می‌تواند به نوعی به شرکت‌های تولیدکننده داخلی از جمله خودروسازان فشار بیاورد، دلیل این مساله را توجه بیش از پیش سیاست گذار بخش بازرگانی روی تنظیم بازار عنوان می‌کنند.
از دیگر نکاتی که می‌تواند تاثیر منفی روی صنعت خودرو داشته باشد، طولانی شدن روندهای بوروکراسی است. در حال حاضر زنجیره خودروسازی با دو وزارتخانه صمت و اقتصاد برای حل و فصل موانع پیش روی تولید روبه‌رو است. زنجیره خودروسازی چالش‌های خود را در ارتباط با مسائل مربوط به تولید با وزارت صمت و چالش‌های ترخیص قطعات و مواد اولیه را از گمرک به‌عنوان زیر مجموعه وزارت اقتصاد پیگیری می‌کند.
چنانچه تفکیک به‌طور کامل اجرایی شود و میان بخش بازرگانی و صنعتی جدایی بیفتد، این اتفاق می‌تواند روند بوروکراسی اداری را برای زنجیره خودروسازی طولانی‌تر کند؛ اما این جدایی می‌تواند مزایایی برای مصرف‌کننده و بازار خودرو نیز به همراه داشته باشد. کارشناسان در این زمینه به ایجاد ساز و کاری برای ادامه فعالیت شرکت‌های واردکننده اشاره دارند. همان‌طور‌که عنوان شد واردات خودرو هم اکنون متوقف مانده است.
پیشتر شرکت‌های گری مارکت از گردونه فعالیت به حکم سیاستگذار کلان وزارت صمت حذف شدند و در ادامه برای فعالیت دیگر شرکت‌های واردکننده شروط سختی در نظر گرفته شد. تحریم‌ها و ممنوعیت واردات نیز نسخه فعالیت این شرکت‌ها را پیچید.
موافقان تفکیک دو وزارت صنعت و معدن با بازرگانی می‌گویند، بازگشت وزارت بازرگانی می‌تواند زمینه را برای ایجاد چارچوبی جهت ادامه فعالیت شرکت‌های واردکننده مهیا کند. به‌طوری‌که استقلال این بخش زمینه را برای یافتن راهکارهای جایگزین ممنوعیت واردات به به وجود آورد.